妖书案,发生于万历三十一年(1603年),是一场由于立储问题引起的党争事件。明神宗皇后无子,王恭妃生子常洛,为皇长子。后郑贵妃生子常洵;郑妃甚得神宗宠爱,神宗有意立其子为嗣。为此朝臣多次力争早日册立东宫,君臣为此僵持十数年。不久刑部侍郎吕坤撰《闺范图说》,司礼监秉笔太监陈矩将《闺范图说》送入宫内,神宗赐给郑贵妃。
妖书案可以再细分为伪楚王案、妖书案,和劫杠案。万历三十一年(1603年)三月,楚王宗人、辅国中尉朱华越一起向朝廷告发楚王朱华奎,只是王如言的侍妾尤金梅所生。首辅沈一贯因与朱华奎友好,于是授意通政使沈子木暂将奏疏压下不表。朱华越不服,亲自上访燕京,北告御状。礼部右侍郎郭正域主张进行调查。沈一贯反对无效,最后由巡抚和巡按御史会同勘问。但察无实证,只有王如言的女儿一口咬定朱华奎是「伪王」。沈一贯与郭正域自是有仇恨,给事中钱梦皋劾奏郭氏「陷害宗藩」。郭正域愤而辞官。
万历二十六年,有人撰写《闺范图说》跋《忧危竑议》,说明郑贵妃欲夺储位。郑妃派怀疑此书是出自吏科给事中戴士衡、全椒知县戴玉衡之手,神宗谪戍此二人。
万历三十一年(1603年)十一月,又出现《续忧危竑议》一书,书中言神宗立东宫之事,实为不得已。因其言词诡妄,时称妖书。朱赓得此妖书,立即进宫面奏皇帝。神宗看过传单后大怒,即命东厂「大索奸人」。浙党沈一贯与东林党人郭正域、沈鲤等人积怨已深,反藉此案诬陷东林党人,兴起大狱、株连甚众。康丕扬上疏指出「妖书」和「伪楚王」两案同源,医生沈令誉和琴士钟澄。府同知胡化上书控告训导阮明卿「造作妖书」;而达观大师紫柏真可也因当时要求朝廷停止征收矿税,不停奔走在京师各界,而遭到当权者忌恨,因此亦被趁机牵连,此后达观被严刑拷打而诬以罪,自狱中归后,沐浴端坐圆寂,而另一位医师沈令誉亦被处以酷刑。原告胡化承认自己诬告阮明卿写妖书。史载:「数日间,锒铛旁午,都城人人自危!」
不久,东厂又逮捕一名形迹可疑的男子皦生彩,皦生彩供出他哥哥皦生光与「妖书案」有关。原来皦生光是京师无赖,素行狡诈,往往胁取人财。有一富商包继志,聘请皦生光代纂诗集,其中有「郑主乘黄屋」之句。最后皦生光被捕。
后来由于太子出面保全郭正域,归罪于生员皦生光。万历三十二年(1604年)四月,皦生光被押赴刑场,凌迟于市,此事不了了之。妖书案之后,楚王朱华奎以助工为由,向朝廷贡献万金。运送途中,被朱蕴钤劫走。湖广巡抚赵可怀提讯要犯时,被朱蕴钤和朱蕴訇挣断刑枷,当场打死。万历三十三年四月,朱蕴钤与朱蕴訇解送湖广承天府处死,朱华堆等三人自杀,朱华焦、朱蕴钫等被幽禁。
妖书案后接着又发生了著名的「明末三案」,事实上都是东林党争的延续。